امام خمینی(ه) در پیامی به مناسبت شهادت یک شهید والا مقام یزدی، از او به عنوان دوستی ۳۰ ساله یاد کردند.
 

آیت الله محمد صدوقی در سال ۱۲۸۷ در یزد متولد شد. پدرش آقامیرزا ابوطالب یکی از روحانیون یزد بود. پدر و مادر خود را در سنین کودکی از دست داد از آن پس تحت سرپرستی پسر عمویش قرار گرفت.

وی بخشی از تحصیلات خود را در یزد و اصفهان گذراند و سپس برای ادامه تحصیل به قم مهاجرت کرد. او ۲۱ سال در قم به فراگیری علوم اسلامی پرداخت و از محضر شیخ عبدالکریم حائری یزدی، سید صدرالدین صدر، سیدمحمدتقی خوانساری، سید محمد حجت کوه‌کمری و امام خمینی بهره برد.

پس از درگذشت آیت‌الله شیخ عبدالکریم حائری، مؤسس و مدیر حوزه علمیه قم، اداره قسمتی از حوزه علمیه به وی واگذار شد که می‌توان از تولیت مدارس و تقسیم شهریه‌های طلاب یاد کرد.

این عالم فقید درباره این مسئولیت می‌گوید که «در آن وقت حافظه من معروف بود و وقتی که ده هزار طلبه شهریه می‌گرفتند من دفتر و دستکی در موقع پرداخت نداشتم، هر کس که شهریه می‌گرفت در خاطرم بود و دیگر احتیاجی نبود که اسم و مبلغ را بنویسم و شب که به منزل می‌رفتم به هر کس هرچه داده بودم، یادداشت می‌کردم.»

سال ۱۳۳۰ با فوت عالم بزرگ دینی یزد شیخ غلامرضا فقیه خراسانی، با درخواست مردم و توصیه آیت الله خمینی و بزرگان به یزد بازگشت و به انجام وظایف دینی پرداخت.

وی درباره رابطه ویژه‌ای که با آیت الله خمینی می‌گوید: «بنده وقتی وارد قم شدم، دو سه روز پس از ورود با امام خمینی آشنا شدم و کم کم آشنایی ما بالا گرفت و به رفاقت کشید و‌گاه در تمام مدت شبانه‌روز با ایشان بودم. در این مدت طولانی که در قم بودیم انس ما عمده با ایشان بود و نمی‌شد هفته‌ای بگذرد و دو، سه جلسه خدمتشان نباشیم.

صدوقی از فدائیان اسلام حمایت می‌کرد و در سال ۱۳۳۰ وقتی سید عبدالحسین واحدی (مرد شماره دو فدائیان اسلام) تحت تعقیب قرار گرفت، او را در خانه اش پنهان کرد. ماموران شاه دو مرتبه خانه او را وارسی کردند، ولی موفق به دستگیری واحدی نشدند.

بعد از واقعه فیضیه در ۲ فروردین ۱۳۴۲ اعلامیه‌ای نوشت و آن را به امضا دیگر علما نیز رساند. طی این اعلامیه از اقدامات رژیم، چنین اعلام نفرت شده بود: «.. ضرب و شتم و نهب و قتل عده‌ای از محصلین علوم دینیه در مدرسه فیضیه، قضیه‌ای نیست که زود از خاطر مسلمین محو و نابود شود و جراحات قلوب به مرور التیام پذیرد. اینک در ضمن عرض همدردی، خاطر آقایان محترم را مستحضر می‌داریم که مادامی که روح در بدن و نیم جانی در تن است، طبق تصمیمات علمای اعلام و راهنمایی‌های آیات الله العظام از هیچگونه اقدامی به منظور حفظ احکام و شعائر اسلام فروگذار نخواهیم کرد.

بعد از قیام ۱۹ دی قم و ۲۹ بهمن ۱۳۵۴ تبریز، ضمن پیامی، نوروز ۵۷ را عزای عمومی اعلام کرد: «سال نو با سفره‌های آغشته به خون بیگناهان قم، تبریز و سایر شهرستان­‌ها که برای دفاع از حریم مقدس قرآن و روحانیت قربانی شده اند؛ لذا مناسب است از برگزاری مراسم نوروز خودداری فرموده و به سوگ و ماتم شهیدان بنشینند.»

دولت در ماه‌های آخر سال ۵۷ به بازاریان پیشنهاد کرد که با انتخاب نماینده‌ای با دولت مذاکره بنشینید. اما صدوقی بیانیه‌ای صادر و این پیشنهاد را نوعی حیله شیطانی قلمداد کرد که دولت می‌خواهد بدین وسیله میان صفوف انقلابیون رخنه کرده و با تفرقه میان آنان نتیجه گیری نماید.

وی اعلامیه‌های دیگری نیز صادر کرد: اعلام عزای عمومی ۱۵ خرداد ۱۳۵۷ش، بیانیه تحریم جشن‌­های نیمه شعبان، بیانیه به مناسبت واقعه سینما رکس آبادان، صدور اعلامیه بر علیه دولت آشتی ملی (دولت شریف امامی) و صدور بیانیه به مناسبت جمعه خونین ۱۷ شهریور ۱۳۵۷.

آیت الله صدوقی در زمان اقامت آیت الله خمینی در پاریس به دیدار ایشان رفت و همچنین در تحصن علما در دانشگاه تهران شرکت کرد. این تحصن در اعتراض به بسته شدن فرودگاه توسط بختیار انجام شده بود که بعد از تحصن فرودگاه بازگشایی شد.

وی بعد از انقلاب به عنوان نماینده امام و امام جمعه یزد به فعالیت مشغول شد و فعالیت‌های خود را در راستای برقراری امنیت در جامعه و حفظ وحدت و یکرنگی داشت. وی همچنین در مجلس خبرگان قانون اساسی از طرف مردم یزد انتخاب شد.

با شروع جنگ عراق و ایران در تجهیز مردم برای رفتن به جبهه می‌کوشید و گاهی شخصا در جبهه‌ها به قصد سرکشی و تقویت روحیه رزمندگان حاضر می‌شد.

رهبر معظم انقلاب اسلامی درباره جبهه رفتن آیت الله صدوقی می‌گویند: «گفتند می‌خواهم بروم یزد و به جبهه هم بروم که من به ایشان گفتم شما خوبست اگر جبهه می‌روید به طرف غرب بروید که آنجا هوایش در فصل بهار و اردیبهشت خوب است و جنوب نروید، چون گرم است ایشان گفتند تا ببینم چه می‌شود و ناگهان دیدیم ایشان سر و کله‌اش از جنوب پیدا شد و در حمله بیت‌المقدس حاضر بود.»

سرانجام در ۱۱ تیر ۱۳۶۱ مطابق با ۱۰ رمضان ۱۴۰۲ق، پس از ادای نماز جمعه توسط سازمان مجاهدین خلق به شهادت رسید.

در بخشی از اطلاعیه امام خمینی به مناسبت شهادت آیت الله صدوقی آمده است: «اینجانب دوستی عزیز که بیش از سی سال با او آشنا و روحیات عظیمش را از نزدیک درک کردم از دست دادم، و اسلام خدمتگزاری متعهد را، و ایران فقیهی فداکار، و استان یزد سرپرستی دانشمند را از دست داد.»