شهید مقیسه طی سال‌های دهه ۶۰ به عنوان دادیار شعبه و ناظر زندان‌های قزل‌حصار و گوهر دشت (رجایی‌شهر) فعالیت کرد.

وی در دهه ۷۰ و ۸۰ دادیار شعبه سه دادسرای اوین و پس از آن رئیس شعبه ۲۸ دادگاه انقلاب تهران شد و تا سال ۱۳۹۹ که راهی دیوان عالی کشور شد، در این جایگاه بود.

مقیسه در سال‌های فعالیتش در دادگاه انقلاب پرونده‌های مهم زیادی از جمله پرونده بهائیان، داعش و منافقین را قضاوت کرد.