آیت الله خامنه ای در اولین مصاحبه خود پس از ترور ناکام مسجد ابوذر با اشاره به ضعف دشمن فرمودند: دشمن در یک شرایط بسیار دردناکی در انقلاب ما قرار دارد وقتی که برخلاف همه‌ی اصول قابل توجیه به ترور روی می آورد.
دفتر حفظ و نشر آثار آیت الله العظمی خامنه ای در ویژه نامه «ترور مردان خمینی » اولین مصاحبه مقام معظم رهبری را بعد از ترور با روزنامه‌ی جمهوری اسلامی در تاریخ 18/4/1360 منتشر کرده است :

حجت‌الإسلام والمسلمین خامنه‌ای، امام جمعه‌ی تهران که در پی یک سوء قصد در بیمارستان به سر می‌برد، در گفت‌وگویی با خبرنگار دفتر مرکزی خبر، نقطه‌ نظرهای خود را در مورد حوادث اخیر کشور اعلام کرد. وی در مورد وضعیت عمومی خود و بمب‌گذاری‌ها و ترورهای اخیر که منجر به شهادت صدها تن از فرزندان راستین خلق شده است، اظهار داشت:

از لحاظ حال عمومی من همان‌طوری که ملاحظه می‌کنید، خوشبختانه بد نیست و حال من نسبت به روزهای دیگری که یادم می‌آید شما آمدید و فیلمی از من گرفتید، خیلی تفاوت کرده است. کوشش پزشکان و دست‌اندرکاران و همه‌ی کسانی که در این کار محبتی داشتند، واقعاً با تفضل الهی و دعای مردم، دعای امام ، مؤثر بود.

امام جمعه‌ی تهران در رابطه با شهادت 72 تن از یاران امام گفت:

در این مدت من چند روز است که از حوادث جدیدی مطلع شدم. تا مدتی از این حوادث بی‌خبر بودم و به من نگفته بودند. یکی حادثه‌ی انفجار بمب در محل حزب جمهوری اسلامی و شهادت عظیم و پرخسارتی که 72 نفر از کسانی که به حق باید گفت 72 نفر از شایستگان این روزگار و در رأس همه‌ی آن‌ها شهید آیت‌الله بهشتی در این شهادت جانشان را از دست دادند. این برای من وقتی که شنیدم سنگین بود.

درباره‌ی این شهادت و درباره‌ی این‌گونه حادثه‌ها من وقتی مطلع شدم، احساس کردم که دشمن در یک شرایط بسیار بسیار دردناکی در انقلاب ما قرار دارد و وقتی که دشمن برخلاف همه‌ی اصولی که در دنیا قابل گفتن و قابل توجیه کردن است، یک‌باره هفتاد و چند نفر انسان را مورد سوء قصد قرار می‌دهد که در میان این علما و مجتهدها، کارکنان برای این ملت و خدمت‌گزاران شبانه‌روز خستگی‌ناپذیر برای دین هستند، خود این کار حالا کار کیست، کاری ندارم؛ کار مجاهدین است، کار طرف‌داران بنی‌صدر است، کار کیست، آن برای من مهم نیست، نفس عمل برای من مهم است که وقتی دشمن، دشمن جهانی ما به وسیله‌ی یک گروه داخلی یک چنین فاجعه‌ی این‌طور پلید و جنبشی را سازمان‌دهی می‌کند، این حاکی از نهایت عجز دشمن است.

البته آقای بهشتی خیلی خیلی بزرگ بود و این مردم هنوزم که هنوز است، به نظر من آقای بهشتی را نشناخته‌اند. بهشتی در آینده شناخته خواهد شد. بهشتی را ماها می‌شناختیم که سالیان درازی کوشش او را در راه پیشبرد این انقلاب دیده بودیم از نزدیک که قدم به قدم چگونه این مردم انقلاب را پیش برد. کاری هم نداریم، اثبات هم لازم ندارد، اثبات خواهد شد.

اما یک نکته‌ای به نظرم رسید که به مردم بگویم و آن نکته این است که شهادت از خصوصیات این امت است. این یک طبیعت شهادت است که خدا این برکت را در شهادت گذاشته، که هرچه آن کسی که شهید می‌شود بزرگ‌تر باشد، درست است که آن شیء از بین می‌رود، اما هیچ خسارتی از این ناحیه عائد نمی‌شود. این مثل این است که فرض کنید انسان در یک بازار خیلی پرعظمتی برود یک وقت و یک سکه‌ی طلا خرید کند. خوب به اندازه‌ی یک سکه‌ی طلا می‌گیرد. یعنی شهادت یک عمل، یک حرکت بی‌خسارت است. آقای مطهری هم که شهید شده بود، یک عده‌ای دستپاچه بودند که حالا چه خواهد شد؟ الحمدالله دیدید که آقای مطهری شهادتش برای اسلام از حضورش برای اسلام کم‌فایده‌تر نبود. آقای بهشتی هم همین‌طور.

به هرحال این حاکی از عجز دشمن است. حاکی از ناتوانی دشمن و حاکی از درماندگی است و این از آقای بهشتی و از این دوستانی که در این راه جانشان را گذاشتند، چیزی نخواهد کاست.

نکته‌ی دومی که در این‌جا باید بگویم این وظیفه مردم است. مردم باید بدانند دشمن ما، دشمن جهانی ما، در کار این انقلاب درمانده است چه باید بکند. یکی از دو کار هم بیشتر ندارد. راه سوم برای او وجود ندارد؛ یا باید رجال این انقلاب را همه را از انقلاب بگیرد که نمی‌شود. خواهید دید بهشتی‌ها درست خواهند شد و خواهند آمد، صحنه را پر خواهند کرد و همین‌طور دیگران. راه دومی که برای دشمن این انقلاب وجود دارد، خارج کردن مردم از صحنه است و این هم همین‌طور که تا حالا ملاحظه می‌کنید، برای دشمن امکان پیدا نکرده و إن‌شاءالله هرگز امکان پیدا نخواهد کرد.

اما باید دید مردم چگونه و به برکت چه چیزی در صحنه می‌مانند؟ این مهم است. مسأله این است که این انقلاب، انقلابی است که با اسلام و مردم سر و کار دارد و این هست که مردم را در صحنه نگه می‌دارد. علت این‌ که امام این‌ همه روی اسلام و احکام اسلامی در انقلاب تکیه می‌کنند، این است که حواسشان را جمع کنند. ما مقاومت‌ها هنوز داریم. ما هنوز کارها داریم. هنوز این‌ قدر حوادث و پیش‌آمدها داریم، در همه‌ی این حوادث مردم باید تصمیم بگیرند. حواس مردم جمع باشد که از آن نکته‌ای که دستگاه‌های خارجی و دشمنان این انقلاب می‌خواهند اسلام را از متن این انقلاب بگیرند، از او غافل نمانند. این خیلی چیز مهمی است.

بایستی اسلام در این انقلاب بماند. بایستی احکام اسلام به عنوان محور این انقلاب بماند. مردم حواسشان جمع باشد که در این مورد فریب نخورند و این همان چیزی است که در حقیقت تضمین‌کننده‌ی این است که مردم در صحنه باقی بمانند.

حجت‌الإسلام خامنه‌ای در رابطه با جنگ تحمیلی و در پیامی به رزمندگان اسلام اظهار داشت:

من پیام به همه‌ی بچه‌هایی که این دو سه روز در رادیو و تلویزیون می‌شنیدم که فلان‌جا را گرفتند و فلان‌جا را کوبیدند، پیام من به همه‌ی این بچه‌ها این است که بدانند تمام این بازی‌ها برای این است که آن‌ها آن‌جا نجنگند. حواسشان جمع باشد، بجنگند. صدام حسین و پشت سر او اربابانش، سخت درمانده‌اند. برای این‌ که آن‌جا را خراب کنند، بنده و امثال بنده را ترور می‌کنند. بجنگید؛ با قدرت و مقاوم. تمام این مقدمات برای این است که شما در آن جنگ‌ها شکست بخورید. نظامی‌ها طراحی ‌کنند و افسران مباشر مشغول بشوند، نیروهای سپاه پاسداران و جنگ‌های نامنظم و دیگران با هماهنگی کامل یک لحظه این دور جنگ را نگذارند که متوقف بماند. اگر این کار شد، این بزرگ‌ترین مشت به دهان دشمن و تمام این چیزهایی هم که این‌جا ملاحظه می‌کنید، این‌ها خنثی شده است.